O CEFAVELA desenvolverá seus trabalhos por meio de parcerias com diversas instituições de ensino e pesquisa nacionais e internacionais, órgãos de governo, movimentos sociais e organizações não governamentais.
Entre os parceiros estão: Ministério das Cidades, Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), União Nacional por Moradia Popular (UNMP), Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE), Faculdade de Arquitetura e Urbanismo da USP, Escuela de Planeación Urbano Regional da Universidade Nacional da Colômbia, Indian Institute for Human Settlements (IIHS), University of the Witwatersrand, (WITS/Johannesburg/África do Sul), School of the Built Environment da Oxford Brookes University (Inglaterra), Geographic Data Science Lab The University of Liverpool (Inglaterra), e Faculty of Geo-Information Science and Earth Observation (ITC), da University of Twente (Holanda).